Marco Cipolli inizia nel 1985 come pediatria infettivologo e dal 1988 inizia a lavorare nella fibrosi cistica, con particolare attenzione sugli aspetti respiratori. Dal 1991 si occupa di aspetti gastroenterologici, in particolare problemi epatici e pancreatici in pazienti con fibrosi cistica e non fibrocistici in età pediatrica. Nello stesso anno ha iniziato a seguire pazienti affetti dalla malattia rara nota come sindrome di Shwachman-Diamond (SDS), studiando aspetti fenotipici ed epidemiologici, coordinando dal 1995 il Registro Italiano di questi pazienti. Nel 2014 diviene Responsabile del primo Centro Regionale della Sindrome di Shwachman-Diamond (Verona), seguendo quasi 40 pazienti con SDS. Dal 2008 al 2016 dirige il Centro di Ricerca Clinica presso il Centro Fibrosi Cistica di Verona, Italia, coordinando più di 20 studi clinici controllati sulla fibrosi cistica. Nel 2016 è Direttore del Centro Fibrosi Cistica di Ancona, seguendo anche più di 30 pazienti con SDS provenienti dalle regioni centrali italiane. Da settembre 2019 è Direttore del Centro per la fibrosi cistica di Verona, uno dei più grandi centri di fibrosi cistica d’Europa. Dal 2020 è eletto Presidente della Società Italiana Fibrosi Cistica (SIFC), la società scientifica che mette in collegamento tutti i Centri clinici per la fibrosi cistica sugli aspetti della cura e della ricerca clinica.